In der Welt von Deus Ex läuft gerade so einiges ziemlich schief. Die Bevölkerung wird von einer schweren Seuche dahingerafft. Hinter der Seuche wird eine mysteriöse, sektenartige Vereinigung vermutet, die auch das Heilmittel „Ambrosia“ besitzt, es aber nur an einflußreiche und mächtige Leute in Politik und Wirtschaft weitergibt…